Lối chơi trong Silent Hill 3 tương tự gần giống như hai bản tiền nhiệm,[6] ba yếu tố cách chơi chính là chiến đấu, thăm dò và giải đố.[7] Chiến đấu cũng như thăm dò đều diễn ra dưới góc nhìn thứ ba, với người chơi có thể trang bị vũ khí được tìm thấy xuyên suốt cuộc hành trình của game. Heather còn có thể đỡ đòn và nhảy sang một bên né đòn từ kẻ thù.[6] Vật dụng bất ly thân đóng vai trò chính yếu xuyên suốt dòng game là cây đèn pin và đài phát thanh sẽ phát tiếng tách tách khi quái vật ở gần đều được giữ nguyên.[8]

Silent Hill 3 có gần tám loại quái vật và chúng sẽ thay phiên nhau chạm trán người chơi dưới nhiều hình thức khác nhau. Một số con sẽ chỉ xuất hiện khi người chơi đi ngang qua một số khu vực nhất định, trong khi số còn lại xuất hiện mọi lúc mọi nơi. Đặc biệt khi bước vào cổng bệnh viện Brookhaven người chơi sẽ gặp lại nữ y tá xuất hiện từ thời Silent Hill đầu tiên đã được nhà sản xuất chỉnh sửa lại hình dáng và bổ sung thêm một số chi tiết như đội tóc giả và vẽ thêm khuôn mặt góp phần tăng thêm vẻ ghê rợn kết hợp với tướng đi khập khiễng của chúng. Số quái vật còn lại trong game tùy từng hoàn cảnh người chơi bắt gặp sẽ trở nên nguy hiểm hay không. Trong những màn đầu tiên, quái vật tương đối dễ tiêu diệt do có kích thước nhỏ và chậm chạp, nhưng ở những màn sau, mức độ nguy hiểm sẽ tăng cao khi quái vật xuất hiện theo bầy, kích thước to lớn cũng như biết sử dụng rìu và cả súng đạn.[9]

Silent Hill 3 có số lượng và chủng loại vũ khí đa dạng. Ban đầu, người chơi sẽ khá vất vả với hai loại vũ khí: con dao xếp và khẩu súng lục ai đó đánh rơi trên sàn nhà. Càng về sau, người chơi sẽ càng nhặt được nhiều thứ vũ khí lợi hại hơn, một số dùng để tấn công trực tiếp như một đoạn ống nước rỉ sét, một thanh kiếm Katana của Nhật hay thậm chí một quả chùy đầy gai nhọn. Ngoài ra còn có nhiều loại súng khác như khẩu shotgun đầy uy lực, súng tiểu liên với tốc độ bắn cực nhanh phù hợp với những quái vật có tốc độ di chuyển cao như con Pendulum... Trong game, không có vũ khí nào được xem là vô dụng cũng như không phải lúc nào cũng có thể sử dụng một vũ khí đối với nhiều loại quái vật khác nhau. Trong đa số trường hợp, người chơi cần phải phối hợp tấn công mới mang hiệu quả tốt nhất, chẳng hạn như người chơi dùng súng hạ quái vật ngã xuống sàn sau đó tiếp tục dùng chùy hay kiếm sẽ tiết kiệm được khá nhiều thời gian cũng như thuốc tăng máu. Vũ khí trong game đa dạng nhưng đạn dược không phải vô hạn do đó buộc người chơi phải hết sức tiết kiệm và chỉ sử dụng khi cần thiết.[9]

Người chơi có thể thiết lập độ khó phần chiến đấu và các yếu tố giải đố của trò chơi một cách riêng biệt.[10] Trong trường hợp câu đố quá khó, có một sự khác biệt lớn giữa độ khó "trung bình" (medium) và độ khó "cao" (hard); một trong các câu đố về độ khó "trung bình" chỉ yêu cầu nhận dạng mẫu vật đơn giản, trong khi ở mức khó "cao" cũng cùng câu đố lại đòi hỏi người chơi cần hiểu biết về các vở kịch của Shakespeare thì mới giải được.[6] Trò chơi còn có tính năng mở khóa vũ khí và trang phục của nhân vật chính.[11]